清嘉庆十五年，悟元道人刘一明完成了《西游原旨》，他认为作品是在弘扬儒、释、道三家教义，“阐三教一家之理，传性命双修之道”。此见解曾影响甚广，遭鲁迅、胡适批判后一度销声匿迹，到本世纪初又有人重拾旧说，提出《西游记》创作是“归旨于佛的情愫与心怀”，是“用宗教思想尤其是佛学思想改良社会改良人生的教科书”。其实鲁迅早就说过，这部小说“实出于游戏”，作者“尤未学佛”。若细观作品中具体描写，还可发现作者对佛教领袖常有轻慢之语。
镇压大闹天宫的孙悟空是如来在书中第一次出场，两人先是激烈争辩，悟空“皇帝轮流做，明年到我家”的名言就在此时说出。后来如来提出赌赛，只要悟空能跳出他的手掌便算赢。悟空一路筋斗翻出去，看到五根肉红柱子，以为已到尽头路，就变出笔墨在中间柱子上题写：“齐天大圣，到此一游。”如来翻掌一扑，将悟空压在五行山下。如来可谓是完胜，但作者一个细节却败坏了他胜利的兴致：悟空“在第一根柱子根下撒了一泡猴尿”。如来光环绕身却夹杂着猴尿臊气，实是大煞风景，作者若是崇拜佛祖的虔诚信徒，会让如来沾上猴尿臊气吗？如来回至雷音宝刹，告诉环绕身边的弟子，天上诸神对悟空“俱莫能降伏”，就连太上老君“亦莫能伤损”，唯有他才能恢复天宫秩序。他还告诉众人，玉帝“立安天大会谢我”，而且是“请我坐了首席”。如来有着大智慧、大法力，而作者写上那些话语，却使人窥见他的虚荣心。
第五十五回里，作者对佛祖再次不恭敬。悟空与八戒为救唐僧，先后被蝎子精扎得疼痛难禁。赶来的观音对蝎子精也奈何不得，她告诉悟空，就连佛祖如来也吃过大亏：
他前者在雷音寺听佛谈经，如来见了，不合用手推他一把，他就转过钩子，把如来左手中拇指上扎了一下，如来也疼难禁，即着金刚拿他，他却在这里。
事件经过作者说得含含糊糊，全凭读者体会。书中妖精可谓多矣，而上雷音寺聆听佛祖教诲的恐怕只有蝎子精。唐僧的前生金蝉子曾在听讲时睡着了，似乎如来的讲课并不生动。但蝎子精仍然进了雷音寺，她积极要求上进，寻觅正果之途。氤氲袅绕之中出现了别开生面的场景，一位“美若西施还袅娜”的女子厕身那一大批罗汉、比丘僧与优婆塞中，故事也由此发生：“如来见了，不合用手推他一把”。“不合”意为不应当，儒家说“男女授受不亲”，佛家说“色即是空”，你佛祖去推那女子干嘛？该描述还给读者留下想象空间：如来是距离多远“推”的？又“推”在哪里？蝎子精的反应表明她感到遭受了不可容忍的非礼，便立即“转过钩子，把如来左手中拇指上扎了一下”，犹如今日女子路遭突袭，立即向侵犯者喷发防狼喷剂一般。灵山待不住了，逃走的蝎子精不再是善男信女，她仍去做妖精，琵琶洞里那盘“人肉馅的荤馍馍”便是证明。
观音的讲述是在扩散不该传播的消息，尽管介绍扼要含糊，负面印象却已造成。删去那五十余字对降服蝎子精的故事并没有影响，作者却偏是写上，对佛祖的轻慢也隐约其间。这类手法在作品中还常遇见，如第十四回中那句“法身佛，没模样，一颗圆光涵万象”，貌似赞颂如来，但调侃意味十足。对于佛门众人似也不恭敬，描写黄风怪与悟空交战吹起怪风时，作者笔触竟荡到灵山出洋相：“五百罗汉闹喧天，八大金刚齐嚷乱。”
取经故事结束时，作者对如来的描述又别有意味。唐僧师徒千辛万苦总算到了西天，可是领取经卷时，阿傩、伽叶索取不到“人事”，就给了些无字经卷。唐僧师徒向如来投诉，如来却为阿傩、伽叶辩解，还以给舍卫国赵长者家诵经“只讨得他三斗三升米粒黄金回来”为例，说明“经不可轻传，亦不可以空取”。到西天取到经本来是功德圆满、皆大欢喜，作者却偏要插入这段描写。阿傩、伽叶索取“人事”是引子，如来辩解是关键。三斗三升米粒黄金可不是小数，如来却认为“忒卖贱了”，经作者这番描述，佛法弘扬竟成了市井买卖。
作者对观音菩萨也常不甚恭敬。熊精偷去袈裟是悟空保唐僧西行时首次遇妖，事情起因是观音禅院院主起了贪心，他还想烧死唐僧。事情出在观音的禅院，悟空认定“这桩事都是观音菩萨没理”，于是便奔向南海讨说法。悟空降服金角大王与银角大王后，太上老君告诉他，那是他的烧火童子，观音“问我借了三次，送他在此托化妖魔，看你师徒可有真心往西去也”。悟空闻言火从心起，他拼着性命打杀才救出唐僧，原来这竟是观音安排的测试，于是破口骂道：“这菩萨也老大惫懒！”因不解恨便又加上一句：“该他一世无夫！”唐僧师徒四人会齐后，观音也立即安排了测试，她邀上普贤、文殊与黎山老母，化身“妖娆倾国色，窈窕动人心”的美女，看唐僧师徒是否动心。作者竟让观音施展美人计，还亲自下场诱惑，这与她的身份以及世人的敬仰太不相符了。多次测试让悟空明白，保唐僧西行并非什么神圣事业，这只是“取经的勾当”。
不过，普陀山荷花池里的金鱼在通天河作怪却不是观音的设计。金鱼怪当日在普陀山“每日浮头听经”，煞是虔诚，可一入尘世，就每年要吃一对童男童女。观音用鱼篮收回了金鱼，但对它吃人恶行却未作任何惩戒。陈家庄百姓见观音现身，“一庄老幼男女，都向河边，也不顾泥水，都跪在里面，磕头礼拜”，他们感恩观音除害，却不知那妖怪却是观音自家养的金鱼。
《西游记》刊行后不久，邓志谟的《咒枣记》出版，其中王恶吃童男童女故事全然抄袭《西游记》。书中收服王恶的萨真人也没杀他，不过前提是发下毒誓：“我今日改邪归正，若不终始一心，轰雷乱劈，永劫堕于阴山之狱。”有了这番悔过之语，多少算是有了个交代，可是《西游记》中，面对跪在泥水中的百姓，观音没有惩戒金鱼的许诺，金鱼也无任何悔过表示，作者只用“当时菩萨就归南海”一句话带过了。作品中这样的情景不止一次地出现，文殊的坐骑青狮、普贤的坐骑白象以及与如来有亲的大鹏将狮驼国臣民全吃完了，悟空进入狮驼洞，看到的是“骷髅若岭，骸骨如林。人头发躧成毡片，人皮肉烂作泥尘”，“将活人拿了剐肉”，“把人肉鲜煮鲜烹”。饶是如此，那妖怪与雷音寺仍保持着联系，用太白金星的话来说，是“一封书到灵山，五百阿罗都来迎接”。吃人无数，罪不可恕，可是文殊、普贤只是骂了声“孽畜”而已，青狮与白象“泯耳皈依”，于是便什么事都没了。
道家中人行径亦是如此。南极寿星的坐骑白鹿跑到比丘国做了国丈，怂恿国王“单用着一千一百一十一个小儿的心肝，煎汤服药”，以图“千年不老”。丧心病狂之举越出了人们的想象，人们甚至还会怀疑：这“甚能延寿”的方法，莫非是南极寿星的秘方？斗不过悟空的白鹿眼见性命不保，南极寿星赶来救它，惩戒只是摸着它的头骂声“好孽畜啊！”并又告诉它：“若不是我来，孙大圣定打死你了。”又如奎木狼，下凡后也干起妖精勾当，书中曾写他在宝象国宫中，“伸开簸箕大手，把一个弹琵琶的女子，抓将过来，扢咋的把头咬了一口”。奎木狼被抓回天界后，玉帝只追究他“私走一方”的错误，惩罚也只是“贬他去兜率宫与太上老君烧火，带俸差操”，原来的工资还照发，不久悟空与犀牛怪争斗时，奎木狼已经官复原职了。
作者对道家领袖的描写也毫不客气，元始天尊、灵宝道君与太上老君是教中地位最高的“三清”，但在车迟国，悟空却吩咐八戒将他们的坐像扔进茅坑，“做个受臭气的天尊”。如果作者尊崇道教，断不会设计出如此亵渎其领袖的情节。
鲁迅论及《西游记》艺术特色时曾云：“复善谐剧”是“作者禀性”，“虽述变幻恍忽之事，亦每杂解颐之言，使神魔皆有人情，精魅亦通世故”，其间作者“玩世不恭之意寓焉”。作者对宗教领袖时有戏谑之言是其“禀性”的表现，但对他们不以为然应是真实情感的流露。（陈大康）
